Kalmarunionen gik i opløsning og de to nye stater, Danmark-Norge og Sverige, gjorde deres bedste for at tilintetgøre hinanden i stadige krige om at blive Nordens stormagt. I længden måtte de dog begge acceptere rollen som europæiske småstater.
I den tidlige moderne epoke bestod Norden af to stater, Danmark-Norge og Sverige.
Norge forblev i unionen med Danmark og kom til at få en underordnet rolle. Dermed var også de gamle norske skattelande, Island og Færøerne, underlagt den danske trone.
Hertil hørte også de forenede hertugdømmer Slesvig-Holstein på grænsen mellem Danmark og tysk-romerske rige.
Derimod havde man mistet kontakten med Grønland og nordboerne der døde ud.
Ligesom tidligere indgik nutidens Finland i det svenske rige.
Økonomisk og socialt var Norden snarere opdelt via andre linjer end de politiske.
Selv Danmark og Slesvig-Holsten fik en samfundsstruktur som var mere lig de nordlige og østlige dele af Europa med store godsejere og underordnede bønder samt en agrarøkonomi baseret på eksport af levnedsmidler.
Norge og Sverige (med Finland) var præget af friere vilkår for bønderne, en svagere adel og en mere differentieret økonomi hvor metal- og trævareeksporten spillede en øget rolle. Politisk blev begge centraliserede og velforvaltede stater med en stærk centralmagt.
I Danmark regerede kongen sammen med det højadelige rigsråd indtil enevælden blev indført i 1660.
I Sverige beholdt 'fyrståndsriksdagen', med repræsentanter for adelen, præsterne, borgerne og bønderne, en relativt stærk position.
Ved etableringen af de tidlig moderne stater Danmark-Norge og Sverige havde det en stor betydning at den lutherske reformation blev gennemført.
Kirkens rigdomme blev overført til staten og statsmagten fik en forøget legitimitet som vogter af den rette religion.
På denne måde indordnede Norden sig i den protestantiske lejr i den nu religiøst opdelte vestlige kristenhed. Det medførte også en vis kulturel isolation.
Troens renhed blev vigtig under den såkaldte lutherske ortodoksi, og Norden er siden forblevet en ganske homogen protestantisk region også efter indførelsen af religionsfriheden i 1800-tallet.
I denne periode blev det også rettet en intensiv missionsvirksomhed mod samerne i det nordlige Norge og Sverige som blev trukket længere og længere ind i statsmagtens net.
I 1500-tallet og især i 1600-tallet blev Norden for alvor trukket ind i den europæiske storpolitik. Kampen om dominansen over Østersøen og dens rige handel rasede mellem Danmark-Norge og Sverige og kom nu og da til at gå ud over nabofolket.
Sverige klarede sig bedst i længden og erobrede kystområderne i nutidens Rusland samt Estland, Letland og efter trediveårskrigen også Pommern og andre nordtyske områder.
Sverige fremstod nu som en europæisk stormagt. Under krigen i midten af 1600-tallet blev Danmark-Norge tvunget til at afgive store områder til Sverige: Gotland, Blekinge, Skåne, Halland, Bohuslän, Härjedalen og Jämtland som er forblevet svenske.
Norden og Østersøområdet havde længe fungeret som en temmelig isoleret region inden for den europæiske politik, men efterhånden som Østersøhandlen blev vigtigere og balancen i Norden blev truet af den svenske fremmarch, rettede stormagterne deres interesse mod Norden.
Det vigtigste resultat af de svensk-danske krige blev dermed at ingen af parterne fik overtaget. Stormagterne, især Nederlandene og Frankrig, satte en stopper for den svenske ekspansion og ville ikke tillade en substantiel dansk revanche.
Hverken Sverige eller Danmark-Norge vandt og dermed blev ingen af landene stærke nok til fortsat at spille en vigtig international rolle.
Under Den Store Nordiske Krig mistede Sverige de fleste besiddelser uden for det gamle Sverige som også omfattede Finland. De nye stormagter i Nordeuropa blev Rusland og Preussen.
Norden skulle for fremtiden bestå af småstater som var afhængige af at manøvrere forsigtigt i et system af stormagter og af at have gode allierede for at beholde deres integritet og suverænitet.