Nordisk Ministerråd er på trods af navnet egentlig ikke ét men flere ministerråd (MR). De fleste nordiske fagministre mødes i ministerrådene mellem én og fem gange om året.
Der er knyttet en såkaldt embedsmandskomité til hvert ministerråd. Embedsmandskomitéerne består af nationale embedsmænd.
De fungerer som ministerrådenes stedfortrædere og forbereder og følger op på sager. Embedsmandskomitéerne kan mødes op til ti gange om året.
Desuden er der ofte arbejdsgrupper for specielle spørgsmål under de respektive ministerråd/embedsmandskomitéer.
Arbejdet i ministerrådene og embedsmandskomitéerne følger ofte en flerårig strategi. Disse strategier suppleres med de etårige formandsprogrammer.
Formandskabet har en stor indflydelse på hvordan arbejdet i ministerrådene og embedsmandskomitéerne udføres og hvilke spørgsmål som sættes på dagsordenen. Formandskabet i ministerrådene og embedsmandskomitéerne roterer årligt mellem landene.