Allerede inden selvstændigheden i sommeren 1991 var der etableret samarbejde med de tre baltiske lande. Fem parlamentarikere fra Nordisk Råd rejste til såvel de baltiske hovedstæder som Moskva i oktober 1990. Nordisk Råd indbød baltiske politikere til sessionen i begyndelsen af 1991. Nordisk Råd deltog i Baltisk Forsamlings første møde i Tallinn. I 1992 vedtog man en formel samarbejdsaftale, der siden er blevet opdateret en del gange. Samarbejdet er gået ind i en ny fase efter de tre landes EU medlemskab fra 2004, men der er fortsat tale om tætte kontakter mellem Nordisk Råd og Baltisk Forsamling. Kontakten sker både mellem præsidier og fagudvalg.

Vigtige temaer er integrationen i Østersøregionen; at bidrage til at bygge broer til EU’s østlige naboer og i det hele taget at virke fælles i forhold til udfordringerne i det nordlige Europa. Der har været samarbejde om kultur, forskning og uddannelse, miljø ikke mindst overgødning af Østersøen, infrastruktur, arbejdsmarkedsspørgsmål og handel med mennesker blandt andet til prostitution.

Siden 2006 har der været et årligt topmøde mellem præsidierne i de to organisationer for at vurdere resultaterne af de fælles aktiviteter. Det seneste topmøde blev afholdt i december 2011 i Reykjavik. Yderligere arrangeres temakonferenser og seminarer især for fagudvalgene.