Nimestä huolimatta Pohjoismaiden ministerineuvostossa on itse asiassa useita ministerineuvostoja (MR). Useimmat Pohjoismaiden erityisalojen ministerit tapaavat ministerineuvoston kokouksissa 1–5 kertaa vuodessa.
Kullakin ministerineuvostolla on niin sanottu virkamieskomitea, joka koostuu kansallisista virkamiehistä.
Virkamieskomiteat toimivat ministerineuvostojen sijaisina sekä valmistelevat ministerineuvostoissa käsiteltävät asiat ja seuraavat päätösten toteutumista. Virkamieskomiteoilla voi olla jopa kymmenen vuotuista kokousta.
Ministerineuvostoilla ja virkamieskomiteoilla on lisäksi usein erityiskysymyksiin keskittyviä työryhmiä.
Ministerineuvostojen ja virkamieskomiteoiden työskentely perustuu yleensä monivuotisiin strategioihin. Niitä täydentävät vuotuiset puheenjohtajakauden ohjelmat.
Puheenjohtajamaalla on suuret vaikutusmahdollisuudet ministerineuvostojen ja virkamieskomiteoiden työhön sekä niiden päiväjärjestyksen sisältöön. Ministerineuvostojen ja virkamieskomiteoiden vuoden kestävä puheenjohtajuus kiertää Pohjoismaalta toiselle.