Pääsihteerin toimisto koordinoi ja suunnittelee kokoustoimintaa sekä valmistelee pohjoismaisten yhteistyöministerien (MR-SAM) ja pohjoismaisen yhteistyökomitean (NSK) käsittelemiä asioita. MR-SAM ja NSK taas vastaavat Pohjoismaiden virallisen poliittisen yhteistyön päivittäisestä koordinoinnista sekä työn koordinoinnista maiden keskushallinnoissa.

Pohjoismaisten yhteistyöministerien, pohjoismaisen yhteistyökomitean ja ministerineuvoston pääsihteerin työkenttä on sektorienvälinen, mikä näkyy myös pääsihteerin toimiston tehtävistä. Toimiston keskeisiä työtehtäviä ovat Pohjoismaiden ministerineuvoston globalisaatiotyö, toiminta Pohjoismaiden ulkopuolella ja EU:ssa eli kansainvälinen koordinointi sekä pohjoismaisen yhteistyön profilointi. Pääsihteerin toimisto vastaa niin ikään ministerineuvoston sihteeristön ja Pohjoismaiden neuvoston (PN) välisestä yhteistyöstä sekä koordinoi PN:n suosituksiin ja kysymyksiin vastaamista.

Pääsihteerillä on Pohjoismaiden ministerineuvoston edustajana monia tehtäviä niin Pohjoismaissa kuin kansainvälisestikin, ja pääsihteerin toimistolla on niissä keskeinen asema – samoin kuin ministerineuvoston sihteeristön johtamisessa sekä sen uusien organisaatiorakenteiden käyttöönotossa. Pääsihteeri ja pääsihteerin toimiston kaksi toimistopäällikköä ovat yhdessä osastopäällikköjen kanssa mukana Pohjoismaiden ministerineuvoston sihteeristön johtoryhmässä.