Berliinin muurin murtuminen 9. marraskuuta 1989 muutti olennaisesti myös Pohjois-Euroopan poliittista karttaa. Vuonna 1991 Neuvostoliitto hajosi.

Pohjoismaat olivat jo ennen Baltian maiden itsenäistymistä tunnustelleet mahdollisuuksia perustaa kuhunkin Baltian maahan Pohjoismaiden ministerineuvoston tiedotustoimisto.

Tallinnan, Riian ja Vilnan toimistot aloittivatkin toimintansa jo kesällä 1991.

Vuonna 1992 perustettiin Itämeren valtioiden neuvosto (CBSS), johon kuuluvat kaikki 11 Itämeren ympärysmaata. Vuonna 1993 perustettiin Barentsin neuvosto ja vuonna 1996 Arktinen neuvosto.

Pohjoismaiden ministerineuvosto on saanut luotua hyvät yhteistyösuhteet näihin yhteistyöelimiin.

Vuonna 1994 Suomessa, Ruotsissa ja Norjassa järjestettiin kansanäänestys EU-jäsenyydestä.

Suomessa ja Ruotsissa äänestäjien enemmistö kannatti EU-jäsenyyttä. Norjalaisten enemmistö puolestaan torjui jo toistamiseen maan liittymisen EU:hun.

Suomesta, Ruotsista ja Itävallasta tuli EU-jäseniä 1. tammikuuta 1995. EU-asiat veivät joksikin aikaa suomalaisten ja ruotsalaisten poliitikkojen kaiken huomion, mutta sittemmin kiinnostus pohjoismaista yhteistyötä kohtaan virisi uudelleen.

Pohjoismainen yhteistyö suuntautui yhä selkeämmin ulospäin, etenkin Itämeren alueelle. Vuosien 1989–1991 mullistukset olivat saaneet aiemman varovaisuuden karisemaan, ja nyt Pohjoismaat uskalsivat laajentaa toimintaansa myös oman piirinsä ulkopuolelle.

Vahva panostus Itämeren alueeseen on aika ajoin vienyt huomiota Länsi-Pohjolalta. Pohjoismaat ovat kuitenkin olleet yhteydessä myös läntisiin naapureihinsa, kuten Kanadaan ja Brittein saarten maihin.

Vuonna 1995 Pietariin päätettiin perustaa pohjoismainen tiedotustoimisto. Sittemmin on perustettu pienemmät tiedotuspisteet Murmanskiin, Arkangeliin ja Petroskoihin sekä pohjoismainen toimisto Kaliningradiin vuonna 2006.

Vuonna 1996 Pohjoismaiden neuvoston sihteeristö muutti Tukholmasta Kööpenhaminaan samoihin tiloihin Pohjoismaiden ministerineuvoston sihteeristön kanssa. Toimitilat sijaitsivat osoitteessa Store Strandstræde 18 aivan Kongens Nytorvin ja Nyhavnin kupeessa.

Kesällä 2000 avattiin liikenteelle Ruotsin ja Tanskan yhdistävä Juutinrauman silta. Hieman hapuilevan alun jälkeen Juutinrauman alueen kehitys otti kunnolla tuulta purjeisiinsa.

Monet skånelaiset löysivät töitä Tanskan puolelta, ja Tanskasta muutti puolestaan väkeä Malmöhön asumaan. Kehitys antoi kimmokkeen rajaesteiden poistamiselle niin Juutinrauman alueelta kuin muualtakin Pohjolasta.

Kööpenhaminan EU-huippukokouksessa joulukuussa 2002 EU:n jäseniksi hyväksyttiin joukko Keski-Euroopan maita.

Viro, Latvia, Liettua ja Puola liittyivät EU:hun kuuden muun Keski-Euroopan maan kanssa 1. toukokuuta 2004.

EU:hun kuuluu tätä nykyä koko Itämeren alue lukuun ottamatta Venäjään kuuluvia Pietarin ja Kaliningradin alueita.

Pohjoismaiden ministerineuvosto on solminut yhteydet kaikkiin Itämeren maihin.

Viro, Latvia ja Liettua liittyivät vuonna 2005 myös Pohjoismaiden Investointipankin täysivaltaisiksi jäseniksi viiden Pohjoismaan rinnalle.

Pohjoismaiden pääministerit päättivät kesäkuussa 2007 Suomessa pitämässään kokouksessa tiivistää pohjoismaista yhteistyötä, jotta maat pystyisivät entistä paremmin vastaamaan globalisaation haasteisiin. Tämä on muuttanut Pohjoismaiden ministerineuvoston työn painopistettä.

Pohjoismainen yhteistyö – ja etenkin laajempi yhteistyö Itämeren maiden kanssa – vahvistunee tulevaisuudessa entuudestaan.

Laajentunut EU toiminee vastaisuudessa eurooppalaisen yhteistyön päänäyttämönä. Alueelliselle yhteistyölle näyttäisi kuitenkin olevan Itämeren alueella entistä enemmän tilaa nimenomaan siksi, että EU on laajenemisen myötä kasvanut niin suureksi.

Heinäkuussa 2010 Pohjoismaiden ministerineuvoston sihteeristö, Pohjoismaiden neuvoston sihteeristö ja Pohjoismainen kulttuurirahasto muuttivat uusiin yhteisiin tiloihin osoitteeseen Ved Stranden 18. Toimitilat sijaitsevat Kööpenhaminan keskustassa näköetäisyydellä Tanskan parlamenttitalosta Christiansborgista.