Työjärjestyksen ja muiden ohjausasiakirjojen perustana on Helsingin sopimus, joka allekirjoitettiin Helsingissä vuonna 1962. Helsingin sopimus on pohjoismaisen yhteistyön perussopimus. Sopimukseen on tehty myöhemmin tarkistuksia ja muutoksia, joista viimeisimmät tulivat voimaan vuonna 1996.

Pohjoismaiden ministerineuvoston työtä säätelevät myös muut tärkeät ohjausasiakirjat.

Niitä ovat muun muassa julkisuussäännöt, tilintarkastussääntö, taloussääntö sekä Joutsen-symbolin ja Norden- tai Pohjola-logotyypin käyttöä koskevat ohjeet.