Pohjoismaiden neuvoston sihteeristö valmistelee puheenjohtajiston, valiokuntien ja muiden elinten käsittelemät asiat ja seuraa päätösten toteutumista.
Pohjoismaiden neuvoston sihteeristö sijaitsee Kööpenhaminassa samoissa tiloissa Pohjoismaiden ministerineuvoston sihteeristön kanssa.
Sihteeristö valmistelee neuvostoa johtavan puheenjohtajiston ja sektorivaliokuntien käsittelemät asiat sekä seuraa päätösten toteutumista.
Tämä tapahtuu yhteistyössä puolueryhmien ja kansallisten valtuuskuntien sihteeristöjen kanssa.
Sihteeristö valmistelee ja järjestää yhdessä isäntämaan valtuuskuntasihteeristön kanssa neuvoston kaksi vuotuista istuntoa: kevään teemaistunnon ja syksyn varsinaisen istunnon ja laatii niiden pöytäkirjan.
Muiden vuotuisten kokousten valmisteluista huolehtivat isäntämaiden sihteeristöt yhdessä neuvoston sihteeristön kanssa.
Neuvoston sihteeristön työskentelysäännöt vahvistaa puheenjohtajisto, joka tekee myös sihteeristöhenkilökunnan viralliset palkkauspäätökset.
Sihteeristön päivittäistä työtä johtaa neuvoston johtaja, jolla on viitisentoista alaista eri Pohjoismaista sekä Ahvenanmaalta, Färsaarilta ja Grönlannista.
Neuvoston johtaja vastaa puheenjohtajiston työstä parin työntekijän avustamana.
Kullakin valiokunnalla on lisäksi omat vastuuhenkilönsä, jotka huolehtivat valiokuntatyön valmistelusta, toteutuksesta ja seurannasta.
Sihteeristössä toimii myös Itämeren parlamentaarikkokonferenssin BSPC:n sihteeristö.
Pohjoismaiden neuvostolla ja Pohjoismaiden ministerineuvostolla on yhteinen viestintäosasto.
Ministerineuvoston hallinto- ja oikeusasiat -osasto (AJ)
huolehtii lisäksi Pohjoismaiden neuvoston sihteeristön henkilöstö-, taloushallinto- ja toimistopalveluista.