Poliittiset yhteistyöasiat käsitellään pääosin Pohjoismaiden neuvoston viidessä valiokunnassa ja neuvostoa johtavassa puheenjohtajistossa.
Valiokunnat käsittelevät kaikki muut paitsi ulko- ja turvallisuuspoliittiset asiat, jotka taas kuuluvat puheenjohtajistolle.
Pohjoismaiden neuvoston jäsenen tai jäsenten tekemä ehdotus jätetään kyseisestä aihealueesta vastaavan valiokunnan käsiteltäväksi. Tämän jälkeen valiokunta voi esimerkiksi päättää lähettää ehdotuksen lausuntokierrokselle eri Pohjoismaihin, järjestää asiantuntijakuulemisen tai hankkia muulla tavoin tietoa ehdotuksen puolesta tai sitä vastaan.
Valiokunta laatii selvitystensä pohjalta oman ehdotuksensa eli mietinnön, joka luovutetaan neuvostoa johtavan puheenjohtajiston tai neuvoston varsinaisen istunnon tai teemaistunnon käsiteltäväksi. Ne päättävät, mihin toimenpiteisiin Pohjoismaiden hallitusten tai Pohjoismaiden ministerineuvoston suositetaan ryhtyvän ehdotuksen pohjalta.
Valiokunta voi myös perehtyä eri aiheisiin ja selvittää siten, tulisiko sen tehdä ehdotus pohjoismaisista yhteistyötoimenpiteistä. Valiokunnilla voi olla määräaikaisia työryhmiä, joilla on rajatut tehtävät. Näin jäsenet voivat syventää tietämystään ja ratkaista siten, tulisiko valiokunnan jatkaa asian käsittelyä ja pyrkiä laatimaan siitä ehdotus. Työryhmä voi myös saada tehtäväkseen konkreettisia ehdotuksia valiokunnalle. Valiokunnat järjestävät toisinaan seminaareja ja konferensseja herättääkseen tai käydäkseen keskustelua jostakin pohjoismaisesta ongelmasta.
Pohjoismaiden neuvoston valiokunnissa on 13–15 jäsentä puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja mukaan luettuina. Valiokuntakokoukset eivät ole julkisia. Konferenssit ja seminaarit taas ovat usein avoimia myös muille kuin valiokunnan jäsenille ja kutsuvieraille.
Pohjoismaiden neuvoston valiokunnat tekevät yhteistyötä kansallisten parlamenttien vastaavien valiokuntien kanssa. Yhteistyötä tehdään niin ikään Viron, Latvian ja Liettuan parlamentaarisen yhteistyöelimen Baltian yleiskokouksen sisarvaliokuntien sekä muiden tärkeiden kansainvälisten järjestöjen kanssa.
Pohjoismaiden neuvostossa on myös tarkastuskomitea, jonka päätehtävänä on tarkastaa yhteispohjoismaisin varoin rahoitettavaa toimintaa sekä tehtyjen päätösten toteutusta. Neuvoston vaalikomitea taas valmistelee neuvoston istunnoissa toimitettavat vaalit.
Pohjoismaiden neuvoston syksyllä pidettävässä varsinaisessa istunnossa valitaan valiokuntien, puheenjohtajiston ja tarkastuskomitean puheenjohtajat, varapuheenjohtajat ja jäsenet sekä vaalikomitean jäsenet seuraavaksi kalenterivuodeksi.