Sekä Pohjoismaiden neuvostolla että Pohjoismaiden ministerineuvostolla on lukuisia yhteistyökumppaneita, ja ne osallistuvat aktiivisesti muuhunkin alueyhteistyöhön.

Pohjoismaiden neuvosto on mukana parlamentaarisessa Itämeri-yhteistyössä, jota tehdään Itämeren parlamentaarikkokonferenssissa (BSPC). Neuvosto lähettää vuotuisiin konferensseihin valtuuskunnan ja edustaa jäsenmaitaan järjestön pysyvässä komiteassa. Neuvostolla on lisäksi tarkkailijan asema Arktisen alueen pysyvässä parlamentaarikkokomiteassa (SCPAR), joka on Arktisen neuvoston parlamentaarinen vastapuoli.

Pohjoismaiden ministerineuvosto toimii tarkkailijana Arktisessa neuvostossa, joka on arktisen alueen maiden hallitusten yhteistyöelin. Neuvoston jäseninä ovat Pohjoismaiden, Färsaarten ja Grönlannin lisäksi Kanada, Venäjä ja Yhdysvallat. Ministerineuvosto osallistuu aktiivisesti myös Itämeri-aloitteeseen (Baltic Sea Initiative), jolla pyritään parantamaan alueen kilpailukykyä, sekä useiden EU:n pohjoisen ulottuvuuden osa-alueiden toteutukseen. Lisäksi ministerineuvosto on kumppanina Barentsin neuvoston ja Barentsin alueneuvoston aloittamissa yhteistyöhankkeissa.

Pohjoismaiden ministerineuvostolla on yhteistyötoimistot Virossa, Latviassa, Liettuassa, Pietarissa ja Kaliningradissa.

Virallisen pohjoismaisen yhteistyön piiriin kuuluu useita Pohjoismaiden omistamia laitoksia. Yksi niistä on Pohjoismaiden Investointipankki (NIB), jonka omistajina ovat olleet myös Viro, Latvia ja Liettua vuodesta 2005 lähtien.