Samarbejdet mellem Nordisk Ministerråd og Estland skal først og fremmest være et politisk samarbejde, gennem hvilket erfaringsudbytte skal bidrage til opnåelse af fælles målsætninger. Et af kontorets vigtigste opgaver er at udse nye trends og nye muligheder for gensidigt estisk - nordisk samarbejde. Kontoret tilsigter at repræsentere nordiske koncepter og synliggøre det nordiske samarbejde i Estland. Kontoret koordinerer ofte fælles aktiviteter og fungerer desuden som initiativtager og arrangør af diverse begivenheder, som profilerer nordisk særegenhed.
Desuden fungerer kontoret som projektadministrator for flere nordisk-baltiske programmer og er ansvarlig for praktisk forvaltning, kvalitetssikring og lignende. Herunder kan det nordisk-baltiske mobilitetsprogram for offentlig forvaltning nævnes. Det giver økonomisk støtte til embedsmænd og andet personale indenfor den offentlige sektor til at gennemføre studiebesøg og praktikophold samt netværksaktiviteter. Programmet har som mål at fremme en harmonisering af mere effektive arbejdsmetoder i den offentlige sektor. For år 2009 er der afsat cirka 2 millioner DKK til programmet, som kører mellem 2009 og 2013.
Mobilitetsprogrammer