Berlinmurens fall den 9. november 1989 endret også fundamentalt det politiske kartet over det nordlige Europa. I 1991 brøt Sovjetunionen sammen.

De nordiske landene hadde faktisk allerede før uavhengigheten tatt kontakt for å opprette informasjonskontorer for Nordisk ministerråd i de tre baltiske landene.

Kontorene i Tallinn, Riga og Vilnius var derfor i drift allerede fra sommeren 1991.

1992 ble Østersjøstatenes råd, CBSS, dannet av de 11 landene rundt Østersjøen. I 1993 ble Barentsrådet opprettet, og i 1996 fulgte Arktisk råd.

Nordisk ministerråd har bygd opp et godt samarbeid med disse rådene.

I 1994 var det folkeavstemninger i Finland, Norge og Sverige om E>U-medlemskap.

Velgerne i Finland og Sverige valgte å si ja, mens flertallet av de norske velgerne for andre gang stemte nei.

Sverige og Finland ble, sammen med Østerrike, medlemmer av EU fra 1.januar 1995. I en periode var politikere og embetsmenn i de to landene nok mer fokusert på EU enn Norden, men gradvis fikk det nordiske samarbeidet igjen nytt liv.

Det nordiske samarbeidet ble stadig mer utadvendt, spesielt i Østersjøregionen. De store omveltningene i 1989–1991 hadde fjernet tidligere restriksjoner på engasjement utenfor de nordiske landene.

Det store fokuset på Østersjøregionen har likevel til tider tatt fokuset vekk fra den vestlige delen av Norden. Men også mot vest har det vært kontakt med naboland som Canada og landene på de britiske øyer.

I 1995 ble det bestemt å opprette et nordisk informasjonskontor i St. Petersburg. Deretter fulgte mindre informasjonspunkter i Murmansk, Arkhangelsk og Petrozavodsk, samt et nordisk informasjonskontor i Kaliningrad fra 2006.

I 1996 flyttet Nordisk råds sekretariat fra Stockholm til København og samme adresse som Nordisk ministerråds sekretariat i Store Strandstræde 18, like ved Kongens Nytorv og Nyhavn.

Sommeren 2000 ble Øresundsbroen åpnet. Broen forbinder Danmark og Sverige, og etter en litt problematisk start ble det fart i utviklingen av Øresundsregionen.

Mange fra Skåne fant seg jobb på den danske siden av sundet, og en del dansker bosatte seg i Malmö. Utviklingen førte til en fornyet innsats for å fjerne grensehindringene, ikke bare her, men i hele Norden.

På EU-toppmøtet i København i desember 2002 ble det vedtatt å ta opp flere land i Sentral-Europa.

Fra 1.mai 2004 ble Estland, Latvia, Litauen og Polen, samt flere land i Sentral-Europa medlemmer av EU.

Hele Østersjøregionen, med unntak av de russiske områdene rundt St. Petersburg og Kaliningrad, er nå med i EU.

Nordisk ministerråd har bygd opp kontakter til alle landene i Østersjøregionen.

Estland, Latvia og Litauen ble også medlemmer av Den nordiske investeringsbanken i 2005, på lik linje med de fem nordiske landene.

De nordiske statsministrene vedtok på deres møte i Finland i juni 2007 å intensivere det nordiske samarbeidet for å møte globaliseringens utfordringer. Det har ført til et fornyet fokus på Nordisk ministerråds arbeid.

Fremtiden kan bringe forsterket nordisk samarbeid – kanskje spesielt i den utvidete formen med landene i Østersjøregionen.

Det er sannsynlig at et utvidet EU i høy grad vil være en arena for europeisk samarbeid. Men foreløpig har det vist seg et økt handlingsrom for regionalt samarbeid rundt Østersjøen, nettopp på grunn av at EU med de siste utvidelsene er blitt så stort.

I juli 2010 flytter Nordisk ministerråds sekretariat, Nordisk råds sekretariat og Nordisk kulturfond sammen inn nye lokaler i sentrum av København på adressen Ved Stranden 18, med utsikt til Christiansborg.