Det politiske samarbeidet i saksspørsmål skjer i hovedsak i Nordisk råds fem fagutvalg og i dets ledelsesorgan – presidiet.
Alle politiske spørsmål, unntatt utenriks- og sikkerhetspolitikk, som er ledelsens, presidentskapets ansvar, behandles i ett av de fem fagutvalgene i Nordisk råd.
Et forslag som legges inn av et medlem eller en gruppe medlemmer henvises til det relevante utvalget for behandling. Utvalget kan for eksempel velge å sende forslaget til høring hos ulike instanser i de forskjellige landene, holde en såkalt utspørring med eksperter eller på annet vis skaffe seg fakta som støtter forslaget eller ikke.
Utvalgets forslag, i form av en såkalt betenkning, går til Nordisk råds ledelsesorgan, presidiet, eller til de to årlige møtene; temasesjonen og den ordinære sesjonen, hvor det blir besluttet hva en skal anbefale de nordiske regjeringene eller Nordisk ministerråd å gjøre i forbindelse med forslaget.
Et utvalg kan også egne seg til å innhente fakta for å avgjøre om det er grunn til å stille forslag om nordiske samarbeidstiltak. Utvalgene kan ha underutvalg eller arbeidsgrupper for avgrensede oppgaver i en bestemt tidsperiode. Noen av utvalgets medlemmer kan da skaffe seg ekstra kunnskap for å avgjøre om utvalget skal gå videre og forsøke å utforme et forslag på området. Underutvalget eller arbeidsgruppen kan også ha i oppdrag å komme med konkrete forslag til utvalget. Seminarer og konferanser organiseres iblant av utvalgene for å vekke opinionen eller delta i debatten om en spesiell nordisk problemstilling.
Nordisk råds utvalg har 13–15 medlemmer, inkludert ordfører og varaordfører. Utvalgsmøtene er ikke offentlige. Konferanser og seminarer er likevel ofte åpne for andre enn medlemmene og spesielt inviterte.
Nordisk råds utvalg samarbeider med de nasjonale parlamentenes tilsvarende utvalg, samt med tilsvarende utvalg i Baltisk forsamling, de parlamentariske samarbeidsorganene i Estland, Latvia og Litauen, og med andre relevante internasjonale organisasjoner.
Nordisk råd har også en kontrollkomité som har til hovedoppgave å kontrollere hvordan virksomhet som finansieres med felles nordiske midler drives, samt at vedtatte beslutninger gjennomføres. Det finnes dessuten en valgkomité som forbereder de valg som gjøres under Nordisk råds sesjoner.
Ordfører, varaordfører og medlemmer i utvalgene, presidentskapet, i kontrollkomiteen og medlemmer i valgkomiteen velges under rådets ordinære sesjon på høsten for det kommende kalenderåret.