Nordiska ministerrådets sekretariat i Köpenhamn har ansvar för den dagliga driften av det nordiska regeringssamarbetet. Här förbereds ärenden som tas upp i de 11 ministerråden och i ämbetsmannakommittéerna. Sekretariatet har också ansvar för att de beslut som fattats blir genomförda.
Sekretariatets struktur är dynamisk och ändrar sig i takt med de initiativ om det nordiska samarbetet som tas av de nordiska regeringarna. År 2008 har Nordiska ministerrådets sekretariat ungefär 100 anställda från alla de nordiska länderna.
Från och med den 4 mars 2013 är Dagfinn Høybråten generalsekreterare för Nordiska ministerrådet.
Nordiska ministerrådet grundades år 1971. En sekretariatsfunktion grundades 1972 och godkändes formellt av de nordiska regeringarna året därpå.
Ministerrådets sekretariat var till en början uppdelat i två enheter: den ena låg vid Snaregade i Köpenhamn, inte långt från Folketinget i Christiansborg. Där hade man hand om arbetet med kultur, forskning och utbildning. Alla andra samarbetsområden sköttes av det andra sekretariatet på Skt. Olavsgate i Oslo.
Vardera sekretariatet hade en egen generalsekreterare. Med åren blev detta tungrott och dyrt, och 1986 sammanslogs de två kontoren och flyttades till Store Strandstræde 18 i Köpenhamn under ledning av generalsekreterare Fridtjov Clemet.
I juli 2010 flyttade sekretariatet till Ved Stranden 18 i Köpenhamn. Nordiska rådet och Nordiska kulturfonden har sina sekretariat på samma adress.