Både Nordiska rådet och Nordiska ministerrådet har ett antal samarbetspartners och deltar aktivt i andra regionala samarbeten.

Nordiska rådet är med i det parlamentariska Östersjösamarbetet i BSPC både genom att ha en delegation på det årliga mötet och genom att representera sina medlemsländer i organisationens permanenta kommitté. I den permanenta arktiska parlamentarikerkommittén (SCPAR), som är den parlamentariska motparten till Arktiska rådet har Nordiska rådet observatörstatus.

Nordiska ministerrådet har observatörstatus i Arktiska rådet som är samarbetsorgan för regeringar med arktiska områden inom sina territorier; utöver de nordiska länderna med Grönland och Färöarna handlar det om Kanada, Ryssland och USA. Ministerrådet är också aktiv deltagare i Baltic Sea Initiative, som arbetar för att stärka regionens konkurrenskraft och i genomförandet på flera områden av EU´s nordliga dimension. Dessutom deltar ministerrådet som partner i av Barentsrådet och Barents regionråd initierade samarbeten.

Nordiska ministerrådet har samarbetskontor i Estland, Lettland, Litauen, i Nordvästra Ryssland och i Kaliningrad.

Inom ramen för det officiella samarbetet finns ett stort antal nordiskt ägda institutioner. I en av institutionerna – Nordiska investeringsbanken (NIB) är sedan 2005 också Estland, Lettland och Litauen medägare.